Liškiava rašytiniuose šaltiniuose minima nuo 1044 m. Pirmoji medinė parapijos bažnyčia pastatyta 1450 m. 1697 m. Liškiavos dvaro savininkas Vladislovas Jurgis Kosyla savo turtus užrašė Seinų dominikonams, įpareigodamas juos pastatyti mūrinę bažnyčią ir vienuolyną. Vienuoliai Liškiavoje įsikūrė tik XVIII a. pr. 1704-1741 m. vienuoliai pastatė mūrinį vienuolyną, bažnyčią, dviejų aukštų sandėlį su rūsiais, šeimynos trobą, bravorą, skalbyklą, buvo iškasti tvenkiniai, užveistas sodas. Po trečiojo Abiejų Tautų Respublikos padalijimo 1797 m. Prūsijos valdžia atėmė iš Liškiavos konvento turtą, vienuoliams palikdama bažnyčią, vienuolyną, pagalbines patalpas ir daržus. Nuo 1808 m. bravorą, svirną ir šeimynos trobą perėmė Liškiavos dvarų nuomininkas Mykolas Volskas. 1811 m. Liškiavos vienuolyne likę tik trys vienuoliai. 1812 m. bažnyčia atiduota parapijai. 1814 m. mirus paskutiniam vienuoliui tėvui Luščinskui, vienuolyno statiniai atiteko parapijai. 1836-1849 m. vienuolyne buvo įrengtas kalėjimas prasikaltusiems kunigams – demeritams. 1939 m. vienuolynas suremontuotas, planuota jame įkurti turizmo stotį, tačiau organizuota Lenkijos pabėgėlių stovykla. 1941 m. vienuolyną nusavino sovietų valdžia. 1947-1976 m. čia veikė vidurinė mokykla. 1989-2013 m. bažnyčia ir vienuolyno pastatai restauruoti.
